Berrikuntzaren kudeaketarako sistema
NanoGUNEk UNE 166002 estandarrean oinarritutako Berrikuntzaren Kudeaketarako Sistema garatu du (agiria ikusi). Sistema honen helburua I+G+b aktibitatearekin erlazionatutako prozesuak optimizatzea da. Horretarako, nanoGUNEk Kudeaketa Politika garatu du, baita prozesu eta prozedimendu desberdinak ere. Era berean, nanoGUNEk bere misioa, bisioa eta balioak identifikatu ditu.

Organigrama
NanoGUNEren antolaketa eta kudeaketa orokorraren egitura organigrama honetan deskribatzen da.
Finantzaketa
2006an sortu zenetik, nanoGUNEk funts garrantzitsuak lortu ditu gobernu lokalen, industriaren eta Europar Batasunaren deialdi lehiakorretan.